Bahsedildiği üzere MAK'ın kuruluşundan bir süre sonra alt kurumları da kurulmuştur. Böylece MAK'ın saha faliyet ve araşturma yükü azalmış, sorumluluk alt kurumlar arasında paylaştırılmıştır. Bu kurumlar kuruldukça MAK, kurumlar arası iletişimi, kontrolü ve bürokrasinin sorumluluğunu almıştır.
Bu alt kurumlar paranormal olayların incelenmesinden milli savunmaya kadar uzanan geniş çaplı faaliyetler yürütmekte ve çeşitli görevler üstlenmektedir. Hatta bazı alt kurumların o sorumluluğu o kadar artmıştır ki onların da alt kurumu kurulmultur. (bkz. AİM)